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  • 开发了网罗统合了聚糖相关组学数据的世界首个聚糖科学门户网站GlyCosmos(理工学院共生创造理工学科 木下圣子教授)

2020/06/23

开发了网罗统合了聚糖相关组学数据的世界首个聚糖科学门户网站GlyCosmos(理工学院共生创造理工学科 木下圣子教授)

    成果的重点
    开发了网罗统合了聚糖相关遗传因子、蛋白质、脂质、疾病、路径等组学数据,可随时访问的世界首个聚糖科学门户网站GlyCosmos。
    还开发了国际聚糖构造储存库及醣体学、糖基转移酶的质量分析数据储存库。
    这是作为GlySpace Alliance成员的代表了日本的聚糖科学门户网站。
    这是日本糖质学会的公认门户网站。

    由创价大学理工学院聚糖生命系统融合中心副中心长木下圣子教授作为代表,公益财团法人野口研究所山田一作项目组长、新潟大学研究生院牙科学综合研究科奥田修二郎准教授、国立研究开发法人产业技术综合研究所细胞分子工学研究部门梶裕之上级主任研究员等构成的研究团队,为了推进聚糖科学研究公开了聚糖科学门户网站GlyCosmos,开发了全球首个网罗统合了聚糖相关遗传因子、蛋白质、脂质、疾病、路径等组学数据的门户网站。
    本研究成果于2020年6月22日(英国夏时制)刊登于科学杂志《Nature Methods》7月号。
    本研究接受了国立研究开发法人科学技术振兴机构(JST)生物科学数据库中心(NBDC)的生命科学数据库统合推进事业(统合化推进项目)的研究开发课题《聚糖科学门户网站构筑》(研究代表:木下圣子)的支援从而得以实施。

    聚糖科学门户网站GlyCosmos概要
    仅通过1个网站就可以访问各种各样的聚糖关联资源的GlyCosmos具有以下特征。
    通过方便用户的网络接口,可以轻松阅览聚糖相关遗传因子、蛋白质、脂质、糖质、路径、疾病等可利用的信息。
    在GlyCosmos,作为储存库还可以利用为了国际聚糖构造储存库作为储存库GlyTouCan及糖基转移酶的储存库GlycoPOST。
    该储存库可提供统合后的各种聚糖相关数据库及包含数据集的数据资源。

    【GlyCosmos门户网站】
    研究背景
    聚糖被称为继DNA、蛋白质后的第三生命基础,与神经、感染、免疫、生殖等各种生命现象息息相关。但是,其复杂的构造与生合成过程与染色体组研究相比,其功能的解析要困难的多。另一方面,近年各种各样的实验数据的累积而成大数据备受瞩目,利用它的数据科学变得更为重要了。聚糖数据库的历史起始于1990年中期在美国由CarbBank进行开发,之后开发出了各种各样的数据库。由于他们的活动在全世界各地展开,研究者虽然可以访问多数的资源,但是却很难发现他们的资源。为此开发出了GlyCosmos。GlyCosmos于2018年10月公开β版,伴随着2019年4月1日的正式公开,该网站被公认为日本糖质学会的门户网站。之后,基于相关研究者们的意见,于2019年8月及2020年4月进行了两次升级,扩充了收录数据的种类与数量,改善了功能扩充及网络接口。

    研究成果
    以聚糖为中心,聚糖相关遗传因子、糖蛋白质、与上述相关的疾病及病原体信息等,在一个门户网站上即可搜索及阅览到各种信息的本门户网站,通过用户便于使用的网络接口无偿提供服务。还可以访问登记聚糖构造后分配识别编号的国际聚糖构造储存库GlyTouCan(*1)及可登记通过聚糖相关质量分析实验获得的活体数据的GlycoPOST(*2)。此外,加上至今为止由聚糖科学研究者开发的JCGGDB ACGG-DB(*3)及GlycoNAVI(*4),统合了国内外的数据库。通过这些数据库,可以GlyCosmos为中心阅览聚糖相关信息,用户可以更容易地搜索到各种信息。此外,还与美国GlyGen、欧洲Glycomics@ExPASy一起构成了聚糖科学数据库的国际组织“GlySpace Alliance”等,与海外相同项目携手进行国际性数据交流与共享。

    今后的发展
    以本门户网站为首,还会开发各种解析工具及软件,希望能够更进一步发展研究开发用于支持聚糖生物学者的研究,并预计将其用于对生命现象的理解与其应用当中。其中还准备开发近年备受瞩目的微生物群落、代谢物组学、植物染、色体组等可以解析与聚糖相关的数据库及工具。
    ページ公開日:2020/06/23