木下 フローラ聖子(教授)

キノシタ フローラキヨコ

専門分野 計算機システム・ネットワーク、生体生命情報学、応用ゲノム科学、生物分子科学
担当科目 データ構造、バイオインフォマティクス演習、ゲノム情報科学、バイオプログラミング、理工学総論、プロジェクト・スタディーズA・B、演習Ⅰ・Ⅱ、Japan Studies Program Enginieering and Natural Sciences
研究テーマ 糖鎖の機能解明のための糖鎖インフォマティクスリソースの開発

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研究者情報詳細

工学研究科 生命情報工学専攻

  • 専門分野 知識発見、グライコインフォマティクス (糖鎖インフォマティクス)、アルゴリズム、分散システムとモバイルエージェント、ネットワーク
    担当科目 http://rings.t.soka.ac.jp/labo.html
    研究テーマ バイオインフォマティクスの分野において、糖鎖情報が増幅してきたが、DNAやタンパク質に比べて、糖鎖構造は複雑で、解析するのに様々な問題があります。まず、糖鎖構造は配列ではなく、「木」の形をとるため、今まで配列に使われてきた手法は簡単に応用できません。従って、計算理論やデータマイニングなどの手法を用いて糖鎖構造の解析を行っています。また、これらの手法をウェブ上で利用できるように、RINGSと呼ぶプロジェクトで糖鎖インフォマティクスのリソースを開発しています。RINGSを通して糖鎖の複雑な機能を明らかにすることを目指しています。
    略歴 1973.2 米国ミズーリ州カンザス・シティ生まれ
    1996.6 米国ノースウエスタン大学にてコンピュータ科学の学士号と修士号を同時取得
    1999.12 米国ノースウエスタン大学にてコンピュータ工学の博士号を取得
    2000.1 台湾中央研究所 ポストドクトラルフェロー
    2000.5 米国バイオディスカバリー 上級ソフトウェア開発技術者
    2003.4 京都大学化学研究所 ポストドクトラルフェロー
    2004.4 京都大学化学研究所 助手
    2006.4 創価大学工学部生命情報工学科 講師
    2008.4 創価大学工学部生命情報工学科 准教授
    2014.4 創価大学工学部生命情報工学科 教授
    主な著書論文 最新情報はこのリンクにあります。
    Aoki-Kinoshita, K.F. and Kanehisa, M. Bioinformatics analysis of glycan structures from a genomic perspective. In "Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics: an Introduction" (von der Lieth, C.-W., Luetteke, T., Frank, M., eds.), pp. 125-141, 2010.
    Li L, Ching WK, Yamaguchi T, Aoki-Kinoshita KF. A weighted q-gram method for glycan structure classification. BMC Bioinformatics. 11 Suppl 1:S33, 2010.
    Akune Y, Hosoda M, Kaiya S, Shinmachi D, Aoki-Kinoshita KF. The RINGS resource for glycome informatics analysis and data mining on the Web. OMICS. 14(4):475-86, 2010.
    Katayama T, Arakawa K, Nakao M, Ono, K, Aoki-Kinoshita KF, Yamamoto Y, Yamaguchi A, Kawashima S, Chun HW, Aerts J, Aranda B, Barboza LH, Bonnal RJ, Bruskiewich R, Bryne JC, Fernandez JM, Funahashi A, Gordon PM, Goto N, Groscurth A, Gutteridge A, Holland R, Kano Y, Kawas EA, Kerhornou A, Kibukawa E, Kinjo AR, Kuhn M, Lapp H, Lehvaslaiho H, Nakamura H, Nakamura Y, Nishizawa T, Nobata C, Noguchi T, Oinn TM, Okamoto S, Owen S, Pafilis E, Pocock M, Prins P, Ranzinger R, Reisinger F, Salwinski L, Schreiber M, Senger M, Shigemoto Y, Standley DM, Sugawara H, Tashiro T, Trelles O, Vos RA, Wilkinson MD, York W, Zmasek CM, Asai K, Takagi T. J Biomed Semantics. 1(1):8, 2010.
    Aoki-Kinoshita, K.F. and Kanehisa, M.; Using KEGG in the transition from genomics to chemical genomics. In "Bioinformatics for Systems Biology" (Krawetz, S., ed.), pp.429-445, Humana Press (2009).
    木下聖子. 糖鎖インフォマティクスの概要. 生化学誌, 第80巻第11号, 1038-1041, 2008.
    Aoki-Kinoshita, K.F. Using glycome databases for drug discovery. Expert Opinion on Drug Discovery, 3(8), 877-890, 2008.
    Aoki-Kinoshita, K.F. and Kanehisa, M., Systems approach to metabolism. In "Wiley Encyclopedia of Chemical Biology" (Begley, T.P., ed.) wecb589 (2008).
    Kuboyama, T., Hirata, K., Aoki-Kinoshita, K.F. An Efficient Unordered Tree Kernel and Its Application to Glycan Classification. Proc. 12th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD2008). Lecture Notes in Artificial Intelligence 5012, 184-195, 2008
    Aoki-Kinoshita, K.F. An Introduction to Bioinformatics for Glycomics Research. PLoS Computational Biology 4(5): e1000075, 2008. doi:10.1371/journal.pcbi.1000075
    Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Kanehisa, M., Mamitsuka, H. A new efficient probabilistic model for mining labeled ordered trees applied to glycobiology, ACM Trans. on Knowledge Discovery from Data (TKDD), 2(1), Article No. 6, 2008.
    Packer, N.H., von der Lieth, C.W., Aoki-Kinoshita, K.F., Lebrilla, C.B., Paulson, J.C., Raman, R., Rudd, P., Sasisekharan, R., Taniguchi, N., York, W.S., Frontiers in glycomics: Bioinformatics and biomarkers in disease An NIH White Paper prepared from discussions by the focus groups at a workshop on the NIH campus, Bethesda MD (September 11-13, 2006). Proteomics. Jan;8(1), 8-20, 2008.
    Aoki-Kinoshita, K.F. and Kanehisa, M., Gene annotation and pathway mapping in KEGG. In "Comparative Genomics Volume 2" (Bergman, N.H., ed.), Humana Press, Methods Mol. Biol. 396, 71-92, 2007.
    Aoki-Kinoshita, K.F. and Kanehisa, M., Bioinformatics approaches in glycomics and drug discovery, Current Opinion in Molecular Therapeutics, 8(6), 514-520, 2006.
    Kuboyama, T., Hirata, K., Aoki-Kinoshita, K.F., Kashima, H., and Yasuda, H., A Gram Distribution Kernel Applied to Glycan Classification and Motif Extraction, Genome Informatics, 17(2), 25-34, 2006.
    Aoki-Kinoshita, K.F., Kanehisa, M., Kao, M.-L., Li, X.-Y., and Wang, W., A 6-Approximation Algorithm for Computing the Least Common AoN-supertree with Application to the Reconstruction of Glycan Trees, In T. Asano, editor, Lecture Notes in Computer Science 4288: Proc. of 17th Annual International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC), pp. 100-110. Springer-Verlag, New York, NY, 2006.
    Kuboyama, T., Kashima, H., Aoki-Kinoshita, K.F., Hirata, K. and Yasuda, H., A Spectrum Tree Kernel, In Proc. The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science (DMSS2006), 106-119, 2006.
    Aoki-Kinoshita, K.F., (Special Topic: Commentary) Overview of KEGG applications to omics-related research, J. Pestic. Sci., 31(3), 296-299, 2006.
    Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Kanehisa, M., and Mamitsuka, H., A New Efficient Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees, Proc. KDD, 177-186, 2006.
    Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Mamitsuka, H., and Kanehisa, M., ProfilePSTMM: capturing tree-structure motifs in carbohydrate sugar chains, Bioinformatics, 22, e25-e34, 2006.
    Hashimoto, K., Goto, S., Kawano, S., Aoki-Kinoshita, K.F., Ueda, N., Hamajima, M., Kawasaki, T., and Kanehisa, M., KEGG as a glycome informatics resource, Glycobiology, 16, 63R-70R, May 2006.
    Zhu, S., Udaka, K., Sidney, J., Sette, A., Aoki-Kinoshita, K.F., and Mamitsuka, H., Improving MHC binding peptide prediction by incorporating binding data of auxiliary MHC molecules, Bioinformatics, 22 (13), 1648-1655, 2006.
    Kanehisa, M., Goto, S., Hattori, M., Aoki-Kinoshita, K.F., Itoh, M., Kawashima, S., Katayama, T., Araki, M., and Hirakawa, M., From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG, Nucleic Acids Research, 34, D354-7, 2006.
    Ueda, N., Aoki-Kinoshita, K. F., Yamaguchi, A., Akutsu, T., and Mamitsuka, H., A probabilistic model for mining labeled ordered trees: capturing patterns in carbohydrate sugar chains, IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 17(8), 1051-1064, Aug 2005.
    Hashimoto, K., Kawano, S., Goto, S., Aoki-Kinoshita, K., Kawashima, M., and Kanehisa, M.; A global representation of the carbohydrate structures: a tool for the analysis of glycan. Genome Informatics, 16(1), 214-222, 2005.
    Aoki, K.F., Kanehisa, M., Using the KEGG database resource, chapter 1.12 in "Current Protocols in Bioinformatics," Current Protocols, (series ed. Liz Miranker), John Wiley & Sons, Ltd., August, 2005.
    Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Akutsu, T., and Kanehisa, M., A score matrix to reveal the hidden links in glycans, Bioinformatics, 21(8), 1457-1463, Apr 2005.
    Wan, R., Mamitsuka, H. and Aoki, K. F. Cleaning Microarray Expression Data Using Markov Random Fields based on Profile Similarity. Proceedings of the Twentieth ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2005), 206-207, Santa Fe, NM, March, 2005
    Yamaguchi, A., Aoki, K. F., and Mamitsuka, H., Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees, Information Processing Letters, 92(2), 57-63, 2004.
    Igarashi, Y., Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Kuma, k., and Kanehisa, M., The Evolutionary Repertoires of the Eukaryotic-Type ABC Transporters in Terms of the Phylogeny of ATP-binding Domains in Eukaryotes and Prokaryotes, Molecular Biology and Evolution, 21(11), 2149-2160, 2004.
    Aoki, K. F., Yamaguchi, A., Ueda, N., Akutsu, T., Mamitsuka, H., Goto, S., and Kanehisa, M., KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): A Software Tool for Analyzing the Structures of Carbohydrate Sugar Chains, Nucleic Acids Research, 32, W267-W272, July 2004.
    Aoki, K. F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Akutsu, T., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H., Managing and Analyzing Carbohydrate Data, ACM SIGMOD Record, 33 (2), 33-38, June 2004.
    Ueda, N., Aoki, K. F. and Mamitsuka, H. A General Probabilistic Framework for Mining Labeled Ordered Trees. Proceedings of the Fourth SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2004), 357-368, Orlando, FL, April, 2004, SIAM.
    Aoki, K.F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Kanehisa, M., Akutsu, T., and Mamitsuka, H. Application of a new probabilistic model for recognizing complex patterns in glycans. Bioinformatics, 20, i6-i14, 2004.
    Aoki, K., Petrov, A., A Comprehensive Microarray Data Management Approach, a book chapter in "Microarray Methods and Applications: Nuts and Bolts," (Gary Hardiman, ed.), pp. 171-192, ISBN: 0-96640-276-6, June, 2003.
    Aoki, K.F., Lee, D.T., Towards Web-Based Computing, International Journal of Computational Geometry and Applications, 11(1), 71-104, 1999.
    所属学会 日本バイオインフォマティクス学会
    日本糖質学会
    日本生化学会
    日本情報処理学会
    FCCA Forum: Carbohydrates Coming of Age
    IEEE: Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc.
    ISCB: International Society for Computational Biology
    Society for Glycobiology

ページ公開日:2017年08月07日
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