糖鎖生命システム融合研究所
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糖鎖生命システム融合研究所

糖鎖の謎を解明し、生命科学の未来を照らす

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糖鎖生命システム融合研究所（GaLSIC）の紹介動画が公開
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2025年度「共同利用・共同研究公募採択結果」掲載のお知らせ
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GlySpace AllianceとJ-GlycoNetおよびHGAとの連携・協⼒に関する意向書の締結、GaLSIC Symposiumの開催
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2025年度「共同利用・共同研究公募要項」掲載のお知らせ
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木下聖子教授が、権威ある科学者リストの上位2％にラインクイン
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第5回 Glycoscience Frontier Seminar開催
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Marissa Maciej-Hulme先生のセミナーを開催します
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第４回 Glycoscience Frontier Seminar開催
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GaLSIC西原所長のコラムが科学誌『Cell』のVOICESに掲載

Glyco-Core Symposium2024開催（登録受付中）
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糖鎖生命システム融合研究所（GaLSIC）の紹介動画が公開
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GlySpace AllianceとJ-GlycoNetおよびHGAとの連携・協⼒に関する意向書の締結、GaLSIC Symposiumの開催
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木下聖子教授が、権威ある科学者リストの上位2％にラインクイン
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第5回 Glycoscience Frontier Seminar開催
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GaLSIC西原所長のコラムが科学誌『Cell』のVOICESに掲載

Glyco-Core Symposium2024開催（登録受付中）
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木下聖子教授が、権威ある科学者リストの上位2％にラインクイン
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糖鎖生命システム融合研究所（GaLSIC）は2021年に設立され、糖鎖生物学と糖鎖情報学の融合を通じて生命現象の解明を目指しています。この研究所は、糖鎖が持つ生命現象への影響を生物学と情報科学の技術を用いて研究し、新たな学術分野の発展に貢献しています。

本研究所では以下の世界基準となるウェブポータルサイトやデータベース、リポジトリの管理・運用をしています。

糖鎖科学ポータルGlyCosmos
国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCan
糖ペプチド、糖タンパク質の複合糖質リポジトリ

　本研究所は、東海国立大学機構糖鎖生命コア研究所（iGCORE）と自然科学研究機構 生命創成探究センター（ExCELLS）の2機関と共に、互いに相補的であることを活かした「糖鎖生命科学連携ネットワーク型拠点」（J-GlycoNet）を形成しています。J-GlycoNetは2021年10月に文部科学大臣より「共同利用・共同研究拠点」に認定され、2022年4月から拠点活動を開始しました。本拠点の共創的研究プラットフォームでは、「ネットワークによる統合的糖鎖研究」、「All Japan糖鎖ネットワークによる支援体制」、「ネットワークによる頭脳循環•人材育成」を提供・推進します。
　さらにヒューマングライコームプロジェクト（HumanGlycome Atlas Project : HGA）は、ロードマップ2020に採択され、細胞や生物に含まれる糖鎖を網羅的に解析・理解するための国家プロジェクトとして2023年4月から本格稼働を始めました。生体内で糖鎖が合成されるシステムの統合的理解や糖鎖構造の違いから病気を診断する技術など糖鎖情報の飛躍的な拡充を目指しています。

共同利用・共同研究拠点
大規模学術フロンティア促進事業

研究所概要
名称 糖鎖生命システム融合研究所（英語表記：Glycan and Life Systems Integration Center ／GaLSIC)
設立年月日 2021年1月1日（前身：糖鎖生命システム融合センター／2019年4月1日設立）

所長挨拶

糖鎖はDNA、タンパク質に次ぐ第３の⽣命鎖とされており、発⽣、感染や免疫、神経等の様々な⽣命現象に関与しています。翻訳されたタンパク質の多くが、様々な糖鎖の付加を受け、実際に私達の身体で働く形となります。糖鎖はタンパク質の働きに、多様性を付与して、いろいろな生体反応の場でタンパク質を働き易くしています。また、細胞膜にある脂質の一部も、様々な糖鎖の付加を受けています。この様に、糖鎖は、タンパク質や脂質に付加され、広く身体に分布して、多様な生命反応に深く関わっています。しかし、構造や⽣合成過程が複雑なため、ゲノム研究と比較して解析が困難で、多くの重要な生命現象における糖鎖の働きが十分に明らかにされていないのが現状です。

現在、様々な実験データの蓄積によるビッグデータが注⽬されており、それを活⽤するデータサイエンスや数理科学が重要となってきています。このようなデータサイエンスや数理科学を糖鎖科学に導⼊することにより⾶躍的な成果が期待されます。私たちは、糖鎖生物学(糖鎖が関わる生物学)と糖鎖情報学（糖鎖に関わる情報学）を融合し、生命科学からの本質的な問いに答えようと、2019年4月に、糖鎖生物学と糖鎖情報学、そして生命科学を融合した「糖鎖⽣命システム融合センター」を設立しました。さらに、この度、データサイエンスや数理科学、生命科学などの新たなメンバーの拡充を行い、「糖鎖⽣命システム融合研究所」へと改組し、2021年1月にさらなる飛躍を目指して出発いたしました。
今日、「糖鎖の重要性」は、日本のみならず様々な国で認識されています。糖鎖はあらゆる生命現象に関わっており、それ故、その応用は、がんや遺伝性疾患、生活習慣病などの疾病はもちろん、生物学・農学・医学のあらゆる領域に及びます。糖鎖が関わる生命現象の本質の理解を目指して、我々が作り出す新規融合領域とその研究を一層推進していきたいと考えております。

創価大学糖鎖生命システム融合研究所 所長　西原 祥子

設立目的

ゲノムDNAおよびタンパク質に次ぐ第3の生命鎖とよばれている糖鎖は、発生や免疫、神経伝達等の様々な生命現象に関与しています。しかし、ゲノムDNAやタンパク質の研究と比較して糖鎖は解析が困難であるため、その生理機能は十分に明らかにされていません。現在、様々な実験データの蓄積によるビッグデータが注目されていますが、糖鎖が関わる様々な生命現象の本質を理解するためには、生物学的な知識・技術だけではなく、ビッグデータを活用するデータサイエンスや統計学、数理科学などの情報科学の知識・技術が必要となります。
本研究所は、生物学分野と情報科学分野の専門家が集まり、糖鎖生物学と糖鎖情報学を融合した研究を行うことによって新規融合領域を創出し、糖鎖が関わる生命現象の本質を理解することを目的として設立されました。

本研究所のイメージ図
マウスES細胞で働く糖鎖とシグナル伝達
Nishihara, S. (2018). Glycans in stem cell regulation: from Drosophila tissue stem cells to mammalian pluripotent stem cells. FEBS letters.

共同利用・共同研究

糖鎖生物学と糖鎖情報学が真に融合した新しい学術分野を創出するために、本研究所の実験機器およびデータベースを活用し、国内外の多くの研究者と共同研究を行っています。
2022年4月からは本研究所とともに、東海国立大学機構 糖鎖生命コア研究所、自然科学研究機構 生命創成探求センターの3機関による「糖鎖生命科学連携ネットワーク拠点」が、文部科学省の「共同利用・共同研究拠点」に認定されました。

コロキウムの開催

所員の研究発表や外部講師を招いた講演会を定期的に開催しています。

定期刊行物

研究成果報告などをまとめた「糖鎖生命システム融合研究所GaLSIC所報」 を年1回発行しています。

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施設紹介

サーバー

・GlyCosmosリポジトリーやデータベースを管理している

糖鎖科学ポータルGlyCosmos

国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCan

 

共焦点レーザー顕微鏡 LSM700（カールツァイス社製）

  • 共焦点光学系を利用し、レーザーを光源とした顕微鏡
  • 蛍光物質で標識された培養細胞や組織切片などの蛍光画像の取得が可能
  • タイムラプス撮影による生細胞イメージングも可能

BD FACSAriaTM III セルソーター（ベクトン・ディッキンソン社製）

  • 蛍光物質で標識された細胞を流体に混合し、レーザー光を照射することで、細胞の大きさや内部構造などを解析したり、細胞表面の蛍光物質量を定量したりすることができる
  • 特定の細胞を無菌的に分取することもできる

リアルタイムPCRシステム QuantStudio12K Flex
（アプライドバイオシステムズ社製）

  • PCR増幅産物の増加を経時的に測定することで、鋳型となるDNAの定量を行うことができる装置
  • 培養細胞や組織における特定の遺伝子の発現量を定量することができる

クリオスタット CM1950（ライカ社製）

  • 凍結組織を低温で薄切りにするための装置
  • 光学顕微鏡で観察するための組織標本を作製できる

培養室

  • 培養細胞等を取り扱うためのバイオクリーンベンチが設置されている
  • 細胞培養を行うためのCO2インキュベーターが設置されている

P2実験室

  • バイオセーフティーレベル2の実験室
  • 生物学用安全キャビネット（クラスIIA）が設置されている

RI実験室

  • 放射性同位元素を取り扱うための実験室

ショウジョウバエ実験室

  • 様々な遺伝子の突然変異体やRNAi系統を飼育している
  • 実体顕微鏡で組織の解剖・観察が行える
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共同利用・共同研究

2025年度共同利用・共同研究募集要項／実施中及び過去の共同利用・共同研究一覧

研究所員

研究所員（専任）

副所長・教授

木下 フローラ聖子

キノシタ フローラキヨコ

専門分野

計算機システム・ネットワーク、生体生命情報学、応用ゲノム科学、生物分子科学

研究テーマ

糖鎖の機能解明のための糖鎖インフォマティクスリソースの開発

特任教授

安形 清彦

アンガタ キヨヒコ

専門分野

糖鎖生物学、分子生物学、生化学、神経発生学

研究テーマ

糖転移酵素の発現と機能制御
発生における糖鎖の役割
糖鎖解析技術の応用

特任講師

伊藤 和義

イトウ カズヨシ

専門分野

ライフサイエンス、発生生物学、細胞生物学、糖鎖生物学

教授

畒見 達夫

ウネミ タツオ

専門分野

知能情報学

研究テーマ

  1. 人工生命技術を利用したメディアアート
  2. 人工社会の技法に基づく生成的インタラクティブアートの実装技術に関する研究

特任講師

ザッパ アキーレ

ZAPPA ACHILLE

専門分野

My research interests include Semantic Web Technologies, Semantic Data Mashup, Linked Data, Data Management, Data Governance, Knowledge Engineering, Big Data Integration, Semantic Integration in various domains: Life Sciences & Health Care, Wellbeing, Smart Cities, Genomic, Finance. Workflow Management, IoT Semantic Interoperability, IoT semantic Data & Systems Integration. I have been a University of Galway Academic Council Researcher Representative Member for 6 years and the W3c Advisory Committee Representative for Insight @ University of Galway for 9 years. During my time in W3c I was also a member of W3c Groups like the HCLS IG, Web of Things (WoT) IG and WG, Spatial Data on the Web WG. I worked for the main Insight Semantic Web and Linked Data Strand and UIoT and Stream Processing Unit, with collaboration with different units and involvement in multiple National and International projects, especially European Projects with large Consortia.
I am respectful, patience, reliable, with empathy and intellectually curious.
I have a multidisciplinary background (IT, engineering, biomedical, computer science, life science, bioinformatics, data management, neuro science, Genomics, proteomics, genetic variations,..).

研究テーマ

Applications of Semantic Web Technologies and Linked Data Principles

教授

高瀬 明

タカセ サヤカ

専門分野

ウイルス学

研究テーマ

  1. レトロウイルスおよびインフルエンザウイルスの感染開始機構の解明
  2. レトロウイルスの遺伝子発現制御機構の解明
  3. マウス白血病ウイルスの神経病原性に関わる遺伝子領域とその役割の解明

特任講師

テイラー 幸恵

YUKIE AKUNE-TAYLOR

専門分野

糖鎖インフォマティクス、ライフサイエンス、生物分子化学

研究テーマ

糖鎖インフォマティクスを用いた糖鎖-タンパク質相互作用の解析

教授

栂谷内 晶

トガヤチ アキラ

専門分野

糖鎖生物学、細胞生物学、⽣化学

研究テーマ

(1) 糖鎖遺伝子(糖転移酵素遺伝子)の解析
(2) 糖鎖遺伝子改変による糖鎖の生物機能解析
(3) 疾患糖鎖標的分子の探索と診断技術開発

所長・特別教授

西原 祥子

ニシハラ ショウコ

専門分野

機能生物化学、細胞生物学、発生生物学、医化学一般、糖鎖生物学、幹細胞生物学、生化学、分子生物学

研究テーマ

生体における糖鎖の役割を明らかにすることを目的として、研究を行っています。ショウジョウバエ個体やES細胞、iPS細胞、癌細胞、癌幹細胞、ヒトモデル細胞、オルガノイドにおいて、様々な遺伝子工学の手法を用いて、糖鎖関連遺伝子の発現を調節して糖鎖機能の解明をしています。また、一部の遺伝子については、ノックアウトマウスを作製し、解析を行っています。

(1) ショウジョウバエを用いた糖鎖関連遺伝子の解析；生物種を越えて保存されている糖鎖の生理機能の解明
ショウジョウバエは、最も遺伝学の進んでいるモデル実験動物です。「生物種を越えて保存されている糖鎖の生理活性」に焦点を置いて、ショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子の変異体やノックダウン体の表現型の解析や生化学的分子生物学的解析から、生物の発生における糖鎖の役割を明らかにしていきます。特に、血液幹細胞の維持と分化に必要な糖転移酵素、神経の軸索形成に必要な糖鎖構造などについて、現在、解析を行なっています。

(2) ヒトや哺乳類の多能性幹細胞(ES細胞、iPS細胞)、オルガノイドにおける糖鎖機能の解明
(1) で明らかになった糖鎖機能がヒトや他の哺乳動物にも共通するものであるか、胚性幹細胞を中心とした培養細胞で検討していきます。具体的には、ES細胞やiPS細胞を対象に、「糖鎖の幹細胞維持や分化における役割を解明する」することを目的とします。このプロジェクトでは、2008年に『ES細胞の維持に糖鎖（ヘパラン硫酸）が関与する』ことをはじめて明らかにしました。それをさらに押し進め、上述の4つの糖鎖構造がナイーブな多能性状態を維持に必要なことを明らかにしました。現在、それ以外の様々な糖鎖にまで解析の範囲を広げています。胚性幹細胞における糖鎖の機能解析の例は、今なお多いとは言えず、この分野でパイオニアとしての役割を果たしています。

(3) PAPS輸送体ノックアウトマウスの機能解析
PAPS輸送体は、糖鎖やタンパク質の硫酸化に必須であり、これがないと各々の分子は硫酸化修飾を受けられません。私達は、2003年にこれを初めて単離・同定しました。現在、ノックアウトマウスを作製して解析を行なっています。このマウスが様々な疾病を誘発することを見いだし、それらの発症機構について解析をしているところです。

(4) 未診断疾患に関わっている糖鎖関連遺伝子の機能解析
これまでの解析から、糖鎖が多くの希少な未診断疾患に関わっていると予測されたので、それらの解析も開始しました。疾病との関連が見いたされた変異をもつ糖鎖関連遺伝子の機能の喪失を、モデル生物や幹細胞からの分化系、オルガノイドなどを用いて解析し、病気との関係を明らかにしていきます。

准教授

藤原 和夫

フジワラ カズオ

専門分野

生体生命情報学、構造生物化学、生物物理学

研究テーマ

タンパク質複合体構造解析

研究所員（兼任）

教授

渥美 雅保

アツミ マサヤス

専門分野

知能情報学、知覚情報処理・知能ロボティクス

研究テーマ

人工知能－情景・人物・空間・言語・関心の統計的学習とパターン認識

教授

池口 雅道

イケグチ マサミチ

専門分野

生物分子科学、構造生物化学、生物物理学

研究テーマ

蛋白質の折れたたみ機構の解明

教授

郷田 秀一郎

ゴウダ シュウイチロウ

専門分野

タンパク質科学　生物物理学　酵素科学

研究テーマ

超好熱アーキア由来酵素の構造と機能
孔形成タンパク質の立体構造変化

教授

篠宮 紀彦

シノミヤ ノリヒコ

専門分野

情報学基礎、計算機システム・ネットワーク

研究テーマ

  1. タイセットに基づく自律分散ネットワークの構築
  2. 光知覚神経センサネットワークの設計
  3. 高速大容量光ネットワークの設計

准教授

笠松 大佑

カサマツ ダイスケ

専門分野

計算機システム・ネットワーク、データベース、データ工学

研究テーマ

CPS/IoTにおけるビッグデータ・コンピューティングに関する研究

教授

川井 秀樹

カワイ ヒデキ

専門分野

神経生物学（神経生理学、神経薬理学）

研究テーマ

大脳の形成、機能、修復
1) 大脳新皮質の形成・発達の分子メカニズムの解明と発達異常の修復方法の開発
2) 神経伝達物質アセチルコリンによる神経回路制御機構の解明
3) 経験（感覚喪失など）による脳の学習のメカニズムの解明
4) 脳梗塞における神経保護と幹細胞を用いた再生医療
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活動

論文発表

前年度までの論文を掲載しています。

2023.07.05 Synthesis and molecular structure of V-shaped liquid crystalline compounds: Spectroscopic, mesomorphic, DFT investigations, electrochemical and fluorescence studies.
Salwadi NFL, Ooi CC, Yeap GY, Suah FBM, Cherin S, Ito MM, Kikuchi K, Fukaya R, Kaneko K, Shimizu A. Journal of Molecular Structure. 2023; 1283: 135304. https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2023.135304.
2023.05.01 Maximizing External Action with Information Provision Over Multiple Rounds in Online Social Networks
Miyashita M, Shinomiya N, Kasamatsu D, Ishigaki G. IEICE Transactions on Information and Systems. 2023 May ( Accepted, To be published); E106-D(5): 847-855.
2023.01.25 Simultaneous determination of heparan sulfate, chondroitin/dermatan sulfates, and hyaluronan glycosaminoglycan disaccharides by high-performance liquid chromatography using a reverse-phase column with adamantyl groups
Hanamatsu H, Makino S, Ohara M, Suda G, Yokota I, Nishihara S, Sakamoto N, Furukawa JI. J Chromatogr A. 2023 Jan 25; 1689: 463748. doi: 10.1016/j.chroma.2022.463748. PMID: 36586283.
2023.01.18 A Method for Reducing the Instability of Negawatts Considering Changes in the Behavior of Consumers
Takai K, Tamura Y, Shinomiya N. Energies 16. 2023; 3: 1072. doi: 10.3390/en16031072. (IF:3.252,CiteScore:5.0)
2023.01.13 Construction of mouse cochlin mutants with different GAG-binding specificities and their use for immunohistochemistry.
Murakami K, Tamura R, Ikehara S, Ota H, Ichimiya T, Matsumoto N, Matsubara H, Nishihara S, Ikehara Y, Yamamoto K. Biochem J. 2023 Jan 13;480(1):41-56. doi: 10.1042/BCJ20220339. PMID: 36511224; PMCID: PMC9987951.
2023.01.05 Introducing Inductive Bias on Vision Transformers through Gram Matrix Similarity based Regularization.
Mormille LH, Broni-Bediako C, Atsumi M. Artifi cial Life and Robotics. 2023; 28(1):106-116.
2022.12.27 Length-Based Curriculum Learning for Efficient Pre-training of Language Models.
Nagatsuka, K., Broni-Bediako, C. & Atsumi, M. New Generation Computing. 2023 (to appear); 41(1).
2022.12.02 Worldwide Glycoscience Informatics Infrastructure: The GlySpace Alliance
Lisacek F, Tiemeyer M, Mazumder R, Aoki-Kinoshita KF. JACS Au. 2022 Dec 2; 3(1): 4-12. doi: 10.1021/jacsau.2c00477.PMID: 36711080; PMCID: PMC9875223.
2022.12 新型うつ傾向とネット依存・デジタル認知症傾向との関連の縦断分析
坂部創一，山崎秀夫. 環境情報科学学術研究論文集．36: 167-172．
2022.12 Changes of signaling molecules in the axotomized rat facial nucleus.
Ishijima T, Nakajima K. J Chem Neuroanat. 2022 Dec; 126: 102179（ 12 pages）. doi: 10.1016/j.jchemneu.2022.102179. PMID: 36341893.
2022.09.27 Morphological difference of Escherichia coli non-heme ferritin iron cores reconstituted in the presence and absence of inorganic phosphate.
Kuwata T, Sato D, Yanagida Y, Aoki E, Fujiwara K, Yoshimura H, Ikeguchi M. J Biol Inorg Chem. 2022 Sep; 27(6): 583-594. doi: 10.1007/s00775-022-01952-5.PMID: 35986810.
2022.09.27 Non-linear disulphide-centred S-shaped oligomers with inner and outer spacers connected by aromatic azo moieties.
Yap PW, Osman F, Yeap GY, Nakamura Y, Kaneko K, Shimizu A, Ito MM. Liquid Crystals. 2023; 50(3): 379-392. https://doi.org/10.1080/02678292.2022.2127161.
2022.09.14 Meeting report on the international symposium on microbial Glycoconjugates and the GlySpace alliance: from micro- to macroglycoscience (MiGGA symposium)
Hosoda M, Aoki K, Guerardel Y, Yamada I, Aoki-Kinoshita KF. Glycobiology. 2022 Nov 22; 32(12): 1066-1067. doi: 10.1093/glycob/cwac062. PMID: 36103332.
2022.08.25 糖鎖遺伝子発現情報からの糖鎖構造推定ツールGlycoMapleの開発
細田正恵，木下聖子，藤田盛久. Journal of Japanese Biochemical Society. 2022; 94（4）: 623-628.
2022.08 Cortical nicotinic enhancement of tone-evoked heightened activities and subcortical nicotinic enlargement of activated areas in mouse auditory cortex.
Nakanishi M, Nemoto M, Kawai HD. Neuroscience Research. 2022 Aug; 181: 55-65. doi: 10.1016/j.neures.2022.04.001. PMID: 35381300.
2022.07.28 Involvement of cochlin binding to sulfated heparan sulfate/heparin in the pathophysiology of autosomal dominant late-onset hearing loss (DFNA9)
Honda T, Kawasaki N, Yanagihara R, Tamura R, Murakami K, Ichimiya T, Matsumoto N, Nishihara S, Yamamoto K. PLoS One. 2022 Jul 28;17(7):e0268485. doi:10.1371/journal.pone.0268485. PMID: 35901072; PMCID: PMC9333281.
2022.07.28 Regularizing self-attention on vision transformers with 2D spatial distance loss.
Mormille, L.H., Broni-Bediako, C. & Atsumi, M. Artificial Life and Robotics. 2022; 27(3):586-593.
2022.07.02 Turkeys possess diverse Siaα2-3Gal glycans that facilitate their dual susceptibility to avian influenza viruses isolated from ducks and chickens.
Kobayashi D, Hiono T, Ichii O, Nishihara S, Takase-Yoden S, Yamamoto K, Kawashima H, Isoda N, Sakoda Y. Virus Res. 2022 Jul 2; 315: 198771. doi:10.1016/j.virusres.2022.198771. PMID: 35429616.
2022.06.29 Events Occurring in the Axotomized Facial Nucleus.
Nakajima K, Ishijima T. Cells. 2022 Jun 29; 11(13): 2068(30 pages). doi: 10.3390/cells11132068. PMID: 35805151; PMCID: PMC9266054.
2022.06.26 Fut9 Deficiency Causes Abnormal Neural Development in the Mouse Cerebral Cortex and Retina.
Abdullah A, Hayashi Y, Morimura N, Kumar A, Ikenaka K, Togayachi A, Narimatsu H, Hitoshi S. Neurochem Res. 2022 Sep; 47(9): 2793-2804. doi: 10.1007/s11064-022-03651-8. PMID: 35753011.
2022.06.23 Glycoproteomics.
Bagdonaite I, Malaker SA, Polasky DA, Riley NM, Schjoldager K, Vakhrushev SY, Halim A, Aoki-
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2022.06.14 Functions of Glycosylation and Related Web Resources for Its Prediction.
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2022.06.13 CarbArrayART: a new software tool for carbohydrate microarray data storage, processing, presentation, and reporting.
Akune Y, Arpinar S, Silva LM, Palma AS, Tajadura-Ortega, V, Aoki-Kinoshita KF, Ranzinger R, Liu Y, Feizi T. Glycobiology. 2022 Jun 13; 32(7): 552-555. doi: 10.1093/glycob/cwac018. PMID: 35352122; PMCID: PMC9191619.
2022.05.23 Disaccharide-tag for highly sensitive identification of O-GlcNAc-modified proteins in mammalian cells
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2022.05.08 Computational Modeling of O-Linked Glycan Biosynthesis in CHO Cells.
Kouka T, Akase S, Sogabe I, Jin C, Karlsson NG, Aoki-Kinoshita, K.F. Molecules（ Basel, Switzerland）. 2022 Mar 8; 27（6）: 1766. doi: 10.3390/molecules27061766. PMID: 35335136; PMCID: PMC8950484.
2022.04.22 GALAXY ver3: updated web application for glycosylation profiling based on 3D HPLC map
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2022.01.05 Development of a novel monosaccharide substitution matrix for improved comparison of glycan structures.
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2021.12.02     DeepNGlyPred: A Deep Neural Network-Based Approach for Human N-Linked Glycosylation Site Prediction.
Pakhrin SC, Aoki-Kinoshita KF, Caragea D, Kc DB. Molecules. 2021 Dec 2;26(23):7314. doi: 10.3390/molecules26237314. PMID: 34885895; PMCID: PMC8658957.
2021.11.25 SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.
Tsuchiya S, Matsubara M, Aoki-Kinoshita KF, Yamada I. Molecules. 2021 Nov 25;26(23):7149. doi: 10.3390/molecules26237149. PMID: 34885724; PMCID: PMC8659005.
2021.11.22 RDFizing the biosynthetic pathway of E.coli O-antigen to enable semantic sharing of microbiology data.
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2021.10.18 Functional glyco-metagenomics elucidates the role of glycan-related genes in environments.
Takihara H, Miura N, Aoki-Kinoshita KF, Okuda S. BMC Bioinformatics. 2021 Oct 18;22(1):505. doi: 10.1186/s12859-021-04425-9. PMID: 34663219; PMCID: PMC8522060.
2021.09.23 Dermatan-4-O-Sulfotransferase-1 Contributes to the Undifferentiated State of Mouse Embryonic Stem Cells
Ogura C, Nishihara S. Front Cell Dev Biol. 2021 Sep 23;9:733964. doi: 10.3389/fcell.2021.733964. PMID: 34631712; PMCID: PMC8495257.
2021.09.09 GlycoBioinformatics
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2021.07.13 Site-specific O-GlcNAcylation of Psme3 maintains mouse stem cell pluripotency by impairing P-body homeostasis.
Pecori F, Kondo N, Ogura C, Miura T, Kume M, Minamijima Y, Yamamoto K, Nishihara S. Cell Rep. 2021 Jul 13;36(2):109361. doi: 10.1016/j.celrep.2021.109361. PMID: 34260942.
2021.06.25 Sulfated glycans containing NeuAcα2-3Gal facilitate the propagation of human H1N1 influenza A viruses in eggs.
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2021.06.01 Glycome informatics: using systems biology to gain mechanistic insights into glycan biosynthesis.
Aoki-Kinoshita, K. Current opinion in chemical engineering 32 (2021): 100683.
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2021.04.19 Global mapping of glycosylation pathways in human-derived cells.
Huang YF, Aoki K, Akase S, Ishihara M, Liu YS, Yang G, Kizuka Y, Mizumoto S, Tiemeyer M, Gao XD, Aoki-Kinoshita KF, Fujita M. Dev Cell. 2021 Apr 19;56(8):1195-1209.e7. doi: 10.1016/j.devcel.2021.02.023. Epub 2021 Mar 16. PMID: 33730547; PMCID: PMC8086148.
2021.02.06 Dermatan sulphate promotes neuronal differentiation in mouse and human stem cells.
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2021.01.08 The international glycan repository GlyTouCan version 3.0.
Fujita A, Aoki NP, Shinmachi D, Matsubara M, Tsuchiya S, Shiota M, Ono T, Yamada I, Aoki-Kinoshita KF. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D1529-D1533. doi: 10.1093/nar/gkaa947. PMID: 33125071; PMCID: PMC7779025.
2020.10.27 A consensus-based and readable extension of Linear Code for Reaction Rules (LiCoRR).
Kellman BP, Zhang Y, Logomasini E, Meinhardt E, Godinez-Macias KP, Chiang AWT, Sorrentino JT, Liang C, Bao B, Zhou Y, Akase S, Sogabe I, Kouka T, Winzeler EA, Wilson IBH, Campbell MP, Neelamegham S, Krambeck FJ, Aoki-Kinoshita KF, Lewis NE. Beilstein J Org Chem. 2020 Oct 27;16:2645-2662. doi: 10.3762/bjoc.16.215. PMID: 33178355; PMCID: PMC7607430.
2020.10.23 Mucin-type O-glycosylation controls pluripotency in mouse embryonic stem cells via Wnt receptor endocytosis.
Pecori F, Akimoto Y, Hanamatsu H, Furukawa JI, Shinohara Y, Ikehara Y, Nishihara S. J Cell Sci. 2020 Oct 23;133(20):jcs245845. doi: 10.1242/jcs.245845. PMID: 32973111
2020.07.17 The GlyCosmos Portal: a unified and comprehensive web resource for the glycosciences.
Yamada I, Shiota M, Shinmachi D, Ono T, Tsuchiya S, Hosoda M, Fujita A, Aoki N.P, Watanabe Y, Fujita N, Angata K, Kaji H, Narimatsu H, Okuda S, Aoki-Kinoshita K.F. Nat Methods. 2020 Jul;17(7):649-650. doi: 10.1038/s41592-020-0879-8. PMID: 32572234
2020.06.01 GlyGen data model and processing workflow.
Kahsay R, Vora J, Navelkar R, Mousavi R, Fochtman BC, Holmes X, Pattabiraman N, Ranzinger R, Mahadik R, Williamson T, Kulkarni S, Agarwal G, Martin M, Vasudev P, Garcia L, Edwards N, Zhang W, Natale DA, Ross K, Aoki-Kinoshita KF, Campbell MP, York WS, Mazumder R. Bioinformatics. 2020 Jun 1;36(12):3941-3943. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa238. PMID: 32324859; PMCID: PMC7320628.
2020.04.16 E190V substitution of H6 hemagglutinin is one of key factors for binding to sulfated sialylated glycan receptor and infection to chickens.
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2020.01.28 GlyGen: Computational and Informatics Resources for Glycoscience.
York WS, Mazumder R, Ranzinger R, Edwards N, Kahsay R, Aoki-Kinoshita KF, Campbell MP, Cummings RD, Feizi T, Martin M, Natale DA, Packer NH, Woods RJ, Agarwal G, Arpinar S, Bhat S, Blake J, Castro LJG, Fochtman B, Gildersleeve J, Goldman R, Holmes X, Jain V, Kulkarni S, Mahadik R, Mehta A, Mousavi R, Nakarakommula S, Navelkar R, Pattabiraman N, Pierce MJ, Ross K, Vasudev P, Vora J, Williamson T, Zhang W. Glycobiology. 2020 Jan 28;30(2):72-73. doi: 10.1093/glycob/cwz080. PMID: 31616925; PMCID: PMC7335483.
2020.01.28 The GlySpace Alliance: toward a collaborative global glycoinformatics community.
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2019.10.20 Highly sulfated hyaluronic acid maintains human induced pluripotent stem cells under feeder-free and bFGF-free conditions.
Miura T, Yuasa N, Ota H, Habu M, Kawano M, Nakayama F, Nishihara S. Biochem Biophys Res Commun. 2019 Oct 20;518(3):506-512. doi: 10.1016/j.bbrc.2019.08.082. Epub 2019 Aug 19. PMID: 31439376
2019.08.20 Updates to the Symbol Nomenclature for Glycans guidelines.
Neelamegham S, Aoki-Kinoshita K, Bolton E, Frank M, Lisacek F, Lütteke T, O'Boyle N, Packer NH, Stanley P, Toukach P, Varki A, Woods RJ; SNFG Discussion Group. Glycobiology. 2019 Aug 20;29(9):620-624. doi: 10.1093/glycob/cwz045. PMID: 31184695; PMCID: PMC7335484.
2019.08.15 LM-GlycomeAtlas Ver. 1.0: A Novel Visualization Tool for Lectin Microarray-Based Glycomic Profiles of Mouse Tissue Sections.
Nagai-Okatani C, Aoki-Kinoshita KF, Kakuda S, Nagai M, Hagiwara K, Kiyohara K, Fujita N, Suzuki Y, Sato T, Angata K, Kuno A. Molecules. 2019 Aug 15;24(16):2962. doi: 10.3390/molecules24162962. PMID: 31443278; PMCID: PMC6719194.
2019.07.22 Towards a standardized bioinformatics infrastructure for N- and O-glycomics.
Rojas-Macias MA, Mariethoz J, Andersson P, Jin C, Venkatakrishnan V, Aoki NP, Shinmachi D, Ashwood C, Madunic K, Zhang T, Miller RL, Horlacher O, Struwe WB, Watanabe Y, Okuda S, Levander F, Kolarich D, Rudd PM, Wuhrer M, Kettner C, Packer NH, Aoki-Kinoshita KF, Lisacek F, Karlsson NG. Nat Commun. 2019 Jul 22;10(1):3275. doi: 10.1038/s41467-019-11131-x. PMID: 31332201; PMCID: PMC6796180.
2019.07.15 Cell Profiling Based on Sugar-Chain-Cell Binding Interaction and Its Application to Typing and Quality Verification of Cells.
Shinchi H, Nakamura T, Ota H, Nishihara S, Wakao M, Suda Y. Chembiochem. 2019 Jul 15;20(14):1810-1816. doi: 10.1002/cbic.201900028. Epub 2019 May 21. PMID: 30816597.
2019.07.15 論文発表
GlycanFormatConverter: a conversion tool for translating the complexities of glycans.
Tsuchiya S, Yamada I, Aoki-Kinoshita KF. Bioinformatics. 2019 Jul 15;35(14):2434-2440. doi: 10.1093/bioinformatics/bty990. PMID: 30535258; PMCID: PMC6612873.

招待講演

所員が招待された講演の情報を掲載しています。

2023.03.12-17 Nishihara S. Glycosylation regulates pluripotent stem cell status and signaling. Glycobiology Gordon Research Conference. Ventura, United States.
2022.12.07     Aoki-Kinoshita KF. Informatic infrastructure for the glycosciences to enhance computational life
sciences. HUPO 2022. Cancun, Mexico.
2022.11.25 Aoki-Kinoshita KF. Using inference on Semantic Web data to enrich the data in GlyCosmos. 4th AGS
Meeting & 9th Warren Workshop, Gold Coast, Australia.
2022.11.17 Aoki-Kinoshita KF. Expansion of the GlyCosmos Portal with disease and microbial data. Society for
Glycobiology Annual Meeting, Online.
2022.09.07 Aoki-Kinoshita KF. Integration of data surrounding sialic acids through the GlyCosmos Portal.
Sialoglyco2022. Nagoya
2022.07.10-15 Nishihara S. Biological roles of glycans in stem cells. The 30th International Carbophydrate Symposium. Online, Brazil.
2019.12.04-06 Shoko Nishihara, Taichi Miura, Hayato Ota, Noriyuki Yuasa, Masato Habu, Federico Pecori, Fumiaki Nakayama, Chika Ogura
Function of glycans in pluripotent stem cells
1st International Symposium on Glycans', Zhuhai, China,2019-12-04 to 2019-12-06
2019.11.11-14 Shoko Nishihara, Taichi Miura, Hayato Ota, Noriyuki Yuasa, Masato Habu, Federico Pecori, Fumiaki Nakayama, Chika Ogura
Functional analyses of glycans in mammalian stem cells
11th Asian Community of Glycoscience and Glycotechnology Conference, November 11-14, 2019 (Busan, Korea) Invited
2019.09.18-20 西原祥子：多能性幹細胞におけるヘパラン硫酸とO-GlcNAc修飾によるシグナル制御
第92回日本生化学会大会、横浜（シンポジウム）
2019.08.25-41 Nishihara S: Functional analysis of mucin-type O-glycans using Drosophila melanogaster
the 25th International Symposium on Glycoconjugates (GLYCO XXV), August 25- 31, 2019, Milano, Italy, Invited
2019.08.19-21 招待講演
西原祥子：糖鎖領域とあらゆる生命科学領域の融合と相互理解、第３８回日本質学会年会、名古屋大学豊田講堂（招待講演）

シンポジウム主催

所員が主催した学会（シンポジウム、ワークショップなど）を掲載しています。

2022.11.30-12.02 西原祥子．「糖鎖が関わる難治性・希少疾患：基礎から診断・治療まで」はじめに．第45 回日本分子生
物学会年会、千葉県
2022.11.30-12.02 要匡，太田隼人，柳久美子，Pecori F，花松久寿，古川潤一，山口芳樹，上原朋子，井ノ口仁一，木下
聖子，栂谷内晶，佐藤万仁，西原祥子．Genes to diagnosis and therapy in glycogenomics disorders：
ヒト糖鎖関連希少疾患GDP- フコース輸送体欠損症を例として．第45 回日本分子生物学会年会、千葉県
2022.11.30-12.02 青木英莉子，真鍋法義，大野詩歩，青木大芽，古川潤一，栂谷内晶，木下聖子，井ノ口仁一，黒澤健司，
要匡，山口芳樹，西原祥子．X 連鎖性劣性末節骨短縮型点状軟骨異形成症の予測と診断：コンピューター
解析と新規ミスセンス変異の同定．第45回日本分子生物学会年会、千葉県
2022.09.28-30 西原祥子．Psme3 の部位特異的な O-GlcNAc 修飾は、P-body の恒常性の阻害を介してマウス ES 細胞
の多能性維持に関与する．第 60 回日本生物物理学会年会、北海道
2022.09 細田正恵. 医療から環境まで広がる糖鎖の世界へ. 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11 回生命医薬情報学連合大会 （IIBMP2022)、大阪
2022.08 宮下正明，篠宮紀彦，笠松大佑，石垣原野．複数ラウンドの情報提供によるOSN 外行動者数の最大化．
電子情報通信学会 第35 回回路とシステムワークショップ．D2-2，pp. 185-190.
2022.08 福田秀太，篠宮紀彦．Machine Learning を用いた端末の基地局割り当て最適化に関する研究．電子情
報通信学会 第35 回回路とシステムワークショップ．D1-3，pp. 173-178.
2022.08 東松一真，大濱開，笠松大佑．分散ストリーム処理における適応パーティショニング手法．第35 回回
路とシステムワークショップ．pp. 255-256. 福岡県
2022.03.01-03 International Symposium on Microbial Glycoconjugates and the GlySpace Alliance:from micro to macro glycoscience (MiGGA).
Organizers：Kiyoko F. Aoki-Kinoshita (GaLSIC, Japan), Kazuhiro Aoki (CCRC, University of Georgia, USA), Yann Guerardel (Lille University, France), Issaku Yamada (The Noguchi Institute, Japan), Masae Hosoda (GaLSIC, Japan) Online event.
2019.09.18-20 シンポジウム主催
シグナルを制御する糖鎖(シンポジウム1S10a)
オーガナイザー：灘中里美(神戸薬科大学)、西原祥子(創価大学)
第92回日本生化学会大会シンポジウム、横浜

その他・研究成果

所員が代表で主催した集会を掲載しています。

2019.11.18-19 その他・研究成果
インフルエンザウイルスの宿主間伝播に関わる新規分子機構の解明．
岡松正敏、高瀬 明、西原祥子．国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）感染症研究革新イニシアティブ（J-PRIDE）研究成果発表会「重症・難治性感染症の理解と予防・治療法の開発に向けて〜若手研究者たちの挑戦〜」（公開）2019年11月18-19日（東京、イイノホール）

糖鎖生命システム融合研究所（GaLSIC）所報

本研究所の所報を掲載しています。

Volume 1 2021年1月～2022年3月
Volume 2 2022年4月～2023年3月
Volume 3 2023年4月～2024年3月
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アクセス

所在地・連絡先

〒192－8577　東京都八王子市丹木町1-236
創価大学糖鎖生命システム融合研究所事務室（理工学部事務室内）
TEL:　042-691-9400
FAX:　042-691-9311
メール:　galsic★≡soka.ac.jp (★≡を@に置き変えてください)

糖鎖生命システム融合研究所・パンフレット
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