理工学研究科（旧：工学研究科）は、1995年4月に、情報システム学専攻、生物工学専攻の2専攻からなる博士前期課程を、1997年4月に同専攻からなる博士後期課程を設置して、この分野の高度な研究と教育を開始しました。

21世紀に入り、環境に配慮した市場経済活動が求められるようになり、自然環境と都市、人との相互関係を考慮した「環境共生」という新しい視点の教育と研究が、ますます必要とされるようになりました。

そこで2007年度に、工学研究科環境共生工学専攻博士前・後期課程を新たに設置しました。「国際社会に対応できる人間教育」などの講義も充実し、国際的に魅力のある大学院教育をめざします。

また、あわせて2007年度より情報システム学専攻を情報システム工学専攻に、生物工学専攻を生命情報工学専攻に名称変更を行いました。

そして2020年4月より生命情報工学専攻を改組し、新たに生命理学専攻が設置認可されました。併せて研究科名を理工学研究科に名称変更しました。

現在、理工学研究科には39名の教員と約160名の大学院生が在籍し、各関連分野で活発な研究活動が行われています。
また海外からの留学生、研究者を受け入れ、また海外の研究・教育機関との共同研究を行っています。
同時に、内外の民間企業との共同研究も積極的に推進し、企業からの大学院への入学、一般社会人の最先端の研究活動への参加など、社会に開かれた大学院の体制も整えられています。