学士課程教育機構は2010年4月、学士課程教育の充実と教育プログラム改善サイクルの確立を担うセクションとして、共通科目運営センター、ワールドランゲージセンター（WLC）、教育・学習活動支援センター（CETL）という3つの既存の機関を統合する形で設置されました。また学士課程教育機構は、同時にスタートした学部横断型のグローバル・シティズンシップ・プログラム（GCP）の運営も担っています。

共通科目運営センターは、2003年4月に共通科目の提供・運営にあたる機関として設置されています。さらに遡ると、1990年代の高等教育の大綱化に対応した一般教養課程の見直しを目的とした共通科目運営委員会（1995年設置）に辿り着きます。同センターは運営委員会からの移行に伴い、入学前準備プログラムによる高大連携や初年次導入教育をはじめとする基礎教育の充実と、「大学科目」「キャリア教育科目」「言語科目」「健康・体育科目」「人文・芸術・思想科目」「社会・文化・生活科目」「自然・数理・情報科目」「平和・人権・世界科目」という8つの科目群に分類される共通科目の提供を担いました。現在、学士課程教育機構に包摂される共通科目運営センターは、これらの科目群に加え、「Japan Studies Program（英語で提供する共通科目）」「日本語・日本文化科目（留学生を対象として提供する科目）、「GCP科目」の計11の科目群にわたって科目提供を行っています。次に、ワールドランゲージセンター（WLC）は本学の語学教育を担う機関として1999年に設置されました。最後に、教育・学習活動支援センター（CETL）は、教育活動のより一層の向上と発展を目的とし、学習及び教育活動を支援する機関として2000年4月に設置されました。